Em 31 de agosto de 1926 foi lançada a pedra fundamental da Igreja, com a benção de Dom José Maria Pereira de Lara. Há no centro da fachada simétrica, duas pilastras retas que emolduram a imagem de São Francisco Xavier.

O santo, cofundador da Companhia de Jesus, foi um dos mais importantes missionários católicos, cujo epíteto é “Apóstolo do Oriente”, por ter pregado no oriente e morrido na China. A construção da Igreja foi uma obra dos colonizadores japoneses que teve início em 1928 e inaugurada em 11 de maio de 1933.

Apesar dos imigrantes japoneses, em sua maioria, não serem cristãos, contribuíram maciçamente com recursos materiais e trabalho na construção do espaço religioso, em respeito à devoção local; mais tarde, muitos se converteram ao catolicismo.